Во-первых, фильтр каталога и так позволяет фильтровать без учета раздела - в списке разделов выбираете "все"
Во-вторых, если Вы модифицировали код компонент в папке /bitrix/components/bitrix/чего-то_там, при первом же обновлении Ваши изменения будут затерты.
В-третьих, если работает только без кеша - написано неправильно.
Резюме - проблему Вы себе создали из ничего.