Делаете бэкап. Поднимаете его локально (т.е. на отдельно сервере или своем компьютере). Для установки всего требуемого ПО можно воспользоваться Битриксовым Веб-Окружением. Ставите на локальную копию обновления и проверяете работу. Если проблем не находите - ставите на "боевой" сервер обновления.