А это не проблема. Это Вы выгрузку неверно сформировали. Если у Вас в разных секциях встречаются подсекции с одинаковыми названиями - будьте добры задавать им уникальные коды-идентификаторы (XML_ID). Иначе поиск создаваемой секции идет по имени без учета секции-родителя.