Перенастроить компоненты на новый инфоблок. Заходите в раздел каталога на сайте, жмете в админ-панели кнопку "Разработка", потом в свойствах компонента меняете настройки.
Закачайте на сервер вот этот скрипт: [URL=http://www.1c-bitrix.ru/download/bitrix_server_test.php.zip]http://www.1c-bitrix.ru/download/bitrix_server_test.php.zip[/URL] и посмотрите результаты его работы. Возможно, прояснит ситуацию.
Админка - Настройки - Поиск - Переиндексация. Убрать галочку "Переиндексировать только измененнные". Запустить. Посмотреть, что будет. Перед использованием сделать бэкап.