Раз вам нужно, чтобы такие свойства не выгружались - допишите для себя обмен. Нужно лишь всего в один запрос добавить условие, чтобы помеченные на удаления свойства не выгружались.
Ну или, если это УТ 11 ред - снять признак удаления, зайти в настройку обмена и поставить галочки не выгружать в товары и предложения.
Ну или, если это УТ 11 ред - снять признак удаления, зайти в настройку обмена и поставить галочки не выгружать в товары и предложения.