Насколько я знаю 1С формирует файл, всё что содержится в файле перезаписывается, если товары там есть значит они есть выгрузке, чем больше файл тем дольше и загрузка и выгрузка. Проще выгружать только актуальные товары и делать неактивными те которые в выгрузку не попали, если обмен не пакетный