яндекс и гугл это здорово, но форум для того и существует чтобы тут подсказали, что искать или по какому пути идти чтобы получить результат, а не для того чтобы на вопрос дали ответ идите в гугл. тем более специализированный.
для тех кто столкнется с похожей проблемой: проставить отгрузку можно так
[CODE]CSaleOrder::DeductOrder($order_id, 'Y');[/CODE]