Не забывайите, что панель - это просто часть header-а вашей веб-страницы.
$APPLICATION->ShowPanel() должна вызываться сразу после <body>, причем у <html> и <body> в CSS должен быть margin:0 и не задан width, чтобы панелька располагалась нормально в первом верхнем блоке страницы по всей ширине. Вся остальная верстка вкладывается в <div> или <table>, и там уже задаются параметры размещения по ширине, отступы и прочая дизайнерская мишура. То, где располагается #WORK_AREA# не имеет никакого значения, это лишь разделитель header-а и footer-а страницы сайта.
Ну и чтобы функция вызвалась, надо, чтобы у иблока были указаны права на изменение (и привязка к сайту), а у группы пользователя - доступ в "Управление структурой".