Для себя решил так:
[CODE] if($res = CCatalogDiscount::GetDiscountProductsList(array(), array(), false, false, array())){
$arDiscountElementID = array();
while($ob = $res->GetNext()){
$arDiscountElementID[] = $ob["PRODUCT_ID"];
}
}
if (count($arDiscountElementID>0)){
$arFilter["ID"] = $arDiscountElementID;
} [/CODE]
А дальше уже GetList с фильтром по ID элементов имеющих скидку.