Поговорите с тех поддержкой Битрикс, думаю вам помогут.
А так, многое можно попробовать, например для начала у стандарта поменять идентификатор сайта на что то отличное от s1 добиться работоспособности в таком виде, потом упаковать сайт без ядра, развернуть баккап на новом месте, но чтоб симлинки на ядро бизнес уже были в папке. Я бы попробовал так.