Варианты:
1. Сложный запрос к базе с подзапросом. Либо писать вручную, либо конструировать через D7 и ORM. [URL=https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_ID=43&CHAPTER_ID=05748&LESSON_PATH=3913.3516.5748]https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_ID=43&CHAPTER_ID=05748&LESSON_PATH=...[/URL]
2. Делать 2 выборки: сначала искать ID, где отмечено Значение2, а потом искать не совпадающие с ними.