1. При обновление проекта надо обязательно обновить nginx, так как новая версия модуля nginx_push_stream_module требует измененных настроек, не совместимых с предыдущей версией
2. В свежем образе BitrixVM на сайте и в пакете BitrixEnv мы добавили в сервим bvat настраивающий сервер перед стартом проверку на наличие не удаленного сокета mysql, с последующим его удалением.
3. Еще раз повторяю коианды которые надо выполнить в случае если у вас возникли проблемы. Причем на данный момент если вы обновляетесь с наших репозиториев у вас такой проблемы быть не должно в принципе.
yum clean all
yum update nginx
yum reinstall bitrix-env4