1. параметры БД также как apache и php автоматически подстраиваются при старте системы. Единственное сейчас параметры подстраиваются до 2 или 4 GB
2. ftp не будет, по причинам безопастности. ssh и sftp поверх ssh доступен из коробки
3. почта по умолчанию не отправляется так как и через кого по умолчанию ее отправлять. Машина может быть и за файрволвером внутри корпоративной сети, или не иметь прав рассылать поту от домена сайта.
4. memcache не быстрее файлового кеша, к тому же для его работы необходима дополнительная память. А машина запускается начиная с 256 МБ
5. из инструментов мониторинга есть мастер настройки munin и nagios. Результаты проверок nagios отправляются на почту администратору, а также у обоих есть веб интерфейс для просмотра собранных ими данных.
6. BitrixEnv не устанавливает сторонние пакеты mc, atop, htop и.т.д. по причине того, что пакетом как правило пользуются более подготовленные специалисты. И все необходимое им стороннее программное обеспечение они смогут поставить сами. В BitrixVM эти пакеты установлены по умолчанию.