Что качается версии 3.1 то для нее к сожалению только доступна только переустановка. Для версий 4.х есть возможность обновления без переустановки.
Список изменений можно посмотреть тут [url]http://www.1c-bitrix.ru/products/vmbitrix/#tab-update-link[/url]
Различий достаточно много, одно из основных это отказ от ZendServer.