1. Обновление с BitrixVM3.X до BitrixVM4.X официально не поддерживается, поэтому в процессе обновления могут возникать различные трудности.
2. С munin удалось повторить проблему, исправим
3. Интернет магазин устанавливается на BitrixVM4.1 без проблем, если у вас возникают ошибки в процессе установки опишите их более подробно
4. Если вы хотите использовать mysqli то необходимо указать путь к сокету в php.ini