1. Способ правильный, но проще редактировать /etc/crontab
2. не стоит запускать скрипт от root, лучше от bitrix
3. и перед запуском проверить его наличие, попробуйте прописать такую команду
*/5 * * * * bitrix test -f [LEFT]/home/bitrix/www/dev/test.php[/LEFT] && { /usr/bin/php -f [LEFT]/home/bitrix/www/dev/test.php[/LEFT] ; } >/dev/null 2>&1
а логирование действий, сделать непосредственно в скрипте