Дело в том что скорее всего у вашего хостера на mysql по умолчанию стоит кодировка latin1, скрипт устанавливает для коннекта именно эту кодировку. Вот и возникает ошибка так как дамп получен в кодировке cp1251.
Изменение которое вы вносите в самое начало дампа не срабатывает так как скрипт выполняеться пошагово и после первого шага он обрашаеться в дамп к той строчке на которой завершился первый шаг, соответственно для последующих коннектов изменения внесенные в начало файла не учитываються.
Чтобы обойти эту проблему необходимо изменить следующий код в restore.php
@mysql_query("SET NAMES '".$mysql_code_page."'", $this->db_Conn);
@mysql_query("SET CHARACTER SET '".$mysql_code_page."'", $this->db_Conn);
на следующий:
@mysql_query("SET NAMES cp1251", $this->db_Conn);
@mysql_query("SET CHARACTER SET cp1251", $this->db_Conn);
после этого заново развернуть архив при помощи скрипта.