Обновления модуля - это архивы, которыми обновляются модули из Маркетплейс, они содержат изменённые файлы, файл описания и файл [URL=https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php?COURSE_ID=101&LESSON_ID=3218]updater.php[/URL], который выполняет всю логику установки (кроме копирования основных файлов). Он как раз делается так, чтобы не переустанавливать модуль. Но это для случаев, когда у вас свой модуль выложен в Маркет (хотя бы в неактивном состоянии).
А если модуль существует только на данном сайте, такой скрипт придётся писать (и запускать) отдельно, учитывая все изменения между старой версией и новой - основные файлы модуля, скрипты и стили, база данных, изменения в публичной части. Т.е. в принципе всё то же самое что делают обычно все разработчики модулей при каждом обновлении (дополнительно нужно скопировать основные файлы), только запускать этот скрипт нужно будет самостоятельно.
А если модуль существует только на данном сайте, такой скрипт придётся писать (и запускать) отдельно, учитывая все изменения между старой версией и новой - основные файлы модуля, скрипты и стили, база данных, изменения в публичной части. Т.е. в принципе всё то же самое что делают обычно все разработчики модулей при каждом обновлении (дополнительно нужно скопировать основные файлы), только запускать этот скрипт нужно будет самостоятельно.