Первый/второй сайт - это по понятиям Битрикса, или обывательски? Если это в админке созданы разные сайты, то проверьте что инфоблоки привязаны к обоим сайтам. Может быть на одном проверяете от имени админа, на другом - от имени неавторизованного. Тогда проверьте права доступа.