Проверьте права доступа (скрипт должен иметь возможность создавать файлы и папки) и используйте нужную версию restore.php. Попробуйте открыть первый архив через 7-Zip на компе, чтобы достать /bitrix/modules/main/restore.php.
Какие примерно размеры первого и последующих архивов? Ошибка вылетает сразу после начала, или через некоторое время?
Какие примерно размеры первого и последующих архивов? Ошибка вылетает сразу после начала, или через некоторое время?