- делаю сертификаты на все поддомены на сервере (8-3-1);
- dehydrated ставится и создает в /var/www/dehydrated/ свой челлендж;
- челендж доступен при обращении к сайту напрямую или по доменному имени, типа, ();
- по поддомену (сайт типа link ) челендж не доступен, открывается заглушка 404.php;
- да, в списке сайтов у меня только поддомены, а главный сайт - default (правильно ли это и как поменять его на examle.com - я, к сожалению, не знаю). 
Found 1 kernel sites:
------------------------------------------------------------------------------------
ID| SiteName | dbName | Status | Type | S | C | DocumentRoot
------------------------------------------------------------------------------------
1| default | sitemanager | finished | kernel | Y | N | /home/bitrix/www
------------------------------------------------------------------------------------
sitemanager: 10 link sites
------------------------------------------------------------------------------------
ID| SiteName | dbName | Status | Type | DocumentRoot
------------------------------------------------------------------------------------
2| a.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
3| b.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
4| c.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
5| d.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
6| e.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
7| f.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
8| g.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
9| h.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
10| i.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
11| g.example.com | sitemanager | finished | link | /home/bitrix/ext_www/...
------------------------------------------------------------------------------------
 
															 
                            
 
			