Вообще такая проблема стандартно решается таким образом: отключаются разные компоненты на этой странице и смотрят пока на странице не будет лишних закрывающих тегов. Как только компонент будет установлен, то нужно будет исправить в его шаблоне ошибку. Как-то так.
Евгений написал: Вот ещё что замечено. Если сформировать дерево каталога и выгрузить его пару раз, а потом поменять дерево каталога и попытаться выгрузить, выгружается и старое дерево, которое уже удалено и с сайта и из 1с модуля обмена, т.е не правильное кеширование где-то происходит
а может быть так, чисто гипотетически, что вы выгружаете на сайт с двух 1С-ок? Одна какая-то тестовая, а другая рабочая.