Получается на стороне 1С кладовщик/менеджер вносит в заказ каждой единице товара маркировочный код, далее заказ вместе с отгрузками/оплатами прилетает обратно на сайт и коды видны на сайте в заказе в отгрузке в каждой единице товара? При выполнении отгрузки соответственно с сайта уходит второй чек в кассу вместе с кодами (это уже другая задача). Передача маркировочных кодов из 1С работает и при стандартном обмене и при битриксовом модуле? Редакция имеет значение, Розница 2.3, УНФ 1.6 и т.д. или функционал работает в любой? Попробую протестировать.