изменения в дереве групп не помечают эти товары к выгрузке, т.е. не фиксируют регистрацию изменений. Обычно, когда перезапишешь сам объект, то по нему изменения регистрируются в плане обмена. Либо, когда по товару подчиненные данные меняются (цены, остатки, доп.файлы или что-то другое взаимосвязанное), то товар регистрируется к выгрузке