Судя по скрину, у вас просто в Windows права не настроены - Вы не с zip-архива устанавливали случайно? Дайте права для Network Service, если у Вас Win2003, Vista, Win2008 или для ASPNET, если XP.
Интеграция с Visual Studio - задача нетривиальная, хотя и реализуемая. На данный момент нам важнее предоставить Вам бОльшую функциональность, нежели глубокую интеграцию с Visual Studio. Для меня, например, один уже IntelliSense - причина для использования Visual Studio.
По пункту 1 - копайте компоненты, которые это делают, например bitrix:system.PublicMenu - там должны быть методы типа CreateMenu - для создания кнопок и PopulateMenu - для наполнения кнопок пунктами меню.