Попробуйте поэкспериментировать со строкой подключения к БД (в web.config), например с параметром Connect Timeout. Я такую ошибку наблюдаю иногда только при первом запуске приложения (обычно после перезагрузки компьютера), поэтому не могу точно причину назвать.
Напишите, пожалуйста, у Вас x64 или x32 версия OS, и какой COLLATION стоит в БД. Эту проблему до сих пор не удается воспроизвести - чем подробнее вы опишете, как вы добились такого результата :D , тем вероятнее, что вы его в дальнейшем не увидите :D
Есть такая особенность у конопок в тулбаре админки - в других браузерах должно нормально работать. Если будет возможность, поправлю в одном из ближайших обновлений.
Попробуйте сформировать словарь типа BXCustomPropertyCollection, заполнить значениями пользовательских полей, а затем вызвать BXCustomEntityManager.SaveEntity(iblockElement.CustomFieldsKey, iblockElement.Id, ваша_коллекция).
Редактирование вручную не поможет - нужно отредактировать страницы средствами CMS, например через публичный диалог "Изменить -> Исходный код страницы", т.к. модуль поиска должен обнаружить эти компоненты, а это происходит только при пересохранении страницы средствами CMS.
За формирование ссылки отвечает компонент, который может этот контент отобразить. Возможно в дистрибутиве не была настроена эта привязка. Найдите страницу с комплексным компонентом (Новости, например), который выводит нужную статью и в его настройках поставьте флажок "Использовать для отображения результатов поиска" (если флажок выставлен, все равно пересохраните настройки компонента)