Это уже давно обсуждалось и буквально сегодня я снова поднял тему "чистого" дистрибутива в закрытом форуме. По запросу в техподдержку вроде как дадут дистрибутив вообще нулевой.
[quote]Гость пишет: будет ли работать такаой вариант без настройки apache[/quote] Будет. Там настройка апача приведена для большей ясности или для админов серверов, которые создают площадки.
[quote]Гость пишет: Обязательно ли разделять их в разные папки, или можно оставить один сайт в корне?[/quote] Я не вижу причин их разделять. Скорее всего можно оставить в корне одного сайта, а в другом сайте сделать связи.