Если пользоваться только штатными возможностями, то:
1. Скидочная цена должна быть меньше базовой
2. Покупатель должен иметь право покупать по этой цене
3. Заполнена должна быть только для нужных товаров (если этот тип цен есть для всех товаров, как вариант - завести третий тип цен и выполнить п.1-2)