Передавайте при вызове CSaleBasket::Update из обработчика в массиве $arFields (второй параметр) произвольный ключ, НЕ СОВПАДАЮЩИЙ с полями корзины. MY_KEY например. В обработчике же анализируйте наличие этого ключа в массиве. Если есть - значит, обработчику работать не надо, вот и все.