Форум

Админка - Настройки - Поиск - Переиндексация. Убрать галочку "Переиндексировать только измененнные". Запустить. Посмотреть, что будет.
Перед использованием сделать бэкап.

Попробуйте тогда полную переиндексацию сайта сделать в админке (раздел Поиск).

Тип таблиц не MyISAM случаем? Если да - попробуйте пройтись по ним инструментом Проверка БД в админке. Только сделайте бэкап базы сначала.

Какого поиска? Внутреннего? Если да, укажите ее в настройках модуля поиска в админке. Есть там такой пункт - маска исключения.

Хотите сказать, Ваш запрос, будучи разбит на два, работает? Если так - полученный sql-запрос в студию

Необходимость чтения документации сей факт не отменяет Вашу ошибку Александр указал.

1. Нарушена структура шаблона - ява-скрипт должен лежать в отдельном файле рядом с template.php. В template.php надо оставить только привязку к $(document).ready(), и то не факт.
2. Запросы к БД надо писать в result_modifier.php - опять-таки нарушение идеологии.
Первые два пункта, в общем, некритичны, зато однозначно характеризуют писавшего.
3. За каким чертом ДВАЖДЫ вызывается информация о разделе (секции) инфоблока с ID = 1, я вообще не понял. Не говоря уж о том, что если у Вас инфоблок сменится, этот код вообще становится бесполезен. Тем более, что информация о секциях и так уже есть в $arResult['SECTIONS'].
4. Дальше у Вас идет перебор $arResult['SECTIONS']. Делать запросы к базе, чтоб выяснить, нет ли у секции подсекций - смешно. У Вас есть поле DEPTH_LEVEL. Тупо сравниваем его со следующим - если он больше или равне следующему - нет подсекций.
5. Сами обработчики уровней вложенности (из-за чего Вы тему и создали) при добавлении еще одного уровня надо дописывать ВСЕ. По уму все делается без разбивки на уровни (как у Вас сейчас). Т.е. без страшных конструкций типа switch... case...

Резюме. Код на уровне студента 1-го курса, который еще ничего не знает. После такого я или отправляю человека работать над собой этак с полгодика, или вообще говорю "до свидания, Вы нам не походите".

А если по уму - весь Ваш шаблон выкинуть надо.

Ну, допишите обработчик для [CODE]switch($arSection["DEPTH_LEVEL"]) [/CODE]
что-то типа:
[CODE]
case 4:
// тут вывод 4-го уровня
break;
[/CODE]

Настройки компонента? Шаблон кастомизировали?