Ничего не понял. Я правильно понял, что у Вас была ситуация:
сервер/папка_сайта_А
сервер/папка_сайта_Б
все работало, так?
потом Вам потребовалось перенести Б в А:
сервер/папка_сайта_А/сайт_Б
так? И после этого все сбилось в дизайне на сайте Б? так? Если да, сделайте скриншот настроек сайтов А и Б в админке и выложите здесь.
сервер/папка_сайта_А
сервер/папка_сайта_Б
все работало, так?
потом Вам потребовалось перенести Б в А:
сервер/папка_сайта_А/сайт_Б
так? И после этого все сбилось в дизайне на сайте Б? так? Если да, сделайте скриншот настроек сайтов А и Б в админке и выложите здесь.