Правильно, так и должно быть. А если у инфоблоков разный набор полей, к примеру. Так что, либо руками, либо через экспорт/импорт. Я когда-то решал подобную задачку (перенос данных из одного инфоблока в другой с одинаковой структурой программно), но сейчас овчинка выделки уже не стоит.