а вот если поставить наш мастер очистки - [URL=https://marketplace.1c-bitrix.ru/solutions/acrit.cleanmaster/]https://marketplace.1c-bitrix.ru/solutions/acrit.cleanmaster/[/URL] и пройтись по диагностике, скорее всего он найдет кучу мусора который можно убить и потом сделать нормальный бекап, уже много раз он в этой ситуации выручал клиентов иной раз освобождая до террабайта места, по личному опыту использования могу констатировать что в среднем на сайте с интеграцией с 1С как правило не меньше 4-5 гигов мусора находит от обмена, попробуйте проверьте, диагностика работает в демке, а в коммерческой версии работает чистка.