Даже если у вас так получилось - чем это вам мешает? Админите вы свойства в 1С, а какие свойства показывать клиентам в публичке - решается настройкой каталога.
Проблема может возникнуть в случае есть у вас используются иблоки 2.0, у них есть ограничение на количество свойств (50-100 где-то) тогда критично какие свойства приходят по конкретному каталогу.
При штатной интеграции с УТ 10.3 + обновление обмена с сайта Битрикс у нас такой проблемы не было, свой ства распределялись верно.
Проблема может возникнуть в случае есть у вас используются иблоки 2.0, у них есть ограничение на количество свойств (50-100 где-то) тогда критично какие свойства приходят по конкретному каталогу.
При штатной интеграции с УТ 10.3 + обновление обмена с сайта Битрикс у нас такой проблемы не было, свой ства распределялись верно.