Я думаю, сначала нужно посмотреть, что висит на событиях обновления, добавления элемента (По моему опыту, вы можете даже и не знать, что что-то, что там висит, вообще влияет на импорт) - найти, все, что висит и разгрузить (переписать, используя наследование класса импорта или пошаговый обработчик события завершения импорта). Кроме этого в настройках обмена поставить ширину шага секунд 30. Если используете обработчик завершения импорта каталога - сделать, чтобы он так же выполнялся пошагово.