Создайте несколько узлов обмена. В каждом из узлов обмена поставьте на выгрузку только одной или нескольких номенклатурных групп. В каждом узле обмена задайте один и тот же внешний код каталога. Выгрузку делайте полную в каждом из узлов. На стороне сайта в настройке интеграции отключите удаление/деактивацию элементов, отсутсвующих в файле выгрузки.