Запускаете сайт на 6, а потом - обновляетесь до текущей стабильной версии.
Если разработка была грамотной, то никаких проблем возникнуть не должно. Если что-то возникнет непредвиденное, то есть техподдержка http://www.1c-bitrix.ru/support/private/ticket_new.php
Там помогут, ежели чего случится....
Только вот опять указываю, что сайт должен быть разработан правильно, в соответствии с документацией http://www.1c-bitrix.ru/sitemanager/doc.php
А то вдруг сайт создаёте правкой файлов ядра.... :)