Форум

Попробуйте добавить [B]wmode="transparent"[/B] в embed, чтобы получилось что-то вроде: [CODE]<embed src="/flash/banner/2.swf" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="173" height="173" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" wmode="transparent" />[/CODE]Вдруг поможет :)

На вкладке "Редактировать сайт", в настройках компонента, в качестве подменю укажите несуществующий тип или выберите другой шаблон, который не выводит подменю.

Документация "Управление показом баннеров с помощью ключевых слов" не сможет помочь в решении вопроса? http://www.1c-bitrix.ru/sitemanager/doc.php#banner_show

По поводу таблиц. Если не трогать таблицы Битрикса, то ничего порушиться не должно. При обновлениях иногда меняется структура таблиц, поэтому крайне не рекомендуется трогать их структуру: http://www.1c-bitrix.ru/support/faq/faq.php?ID=2374#41483

По поводу нагрузок и настройки сервера, можно почитать в разделе про производительность: http://www.1c-bitrix.ru/performance/

Доп.лицензия - это лицензия на дополнительный сайт, созданный на уже работающем ядре? Тогда только ручками скопировать.
Если подразумевается новый лицензионный ключ, то можно сделать как посоветовал [b]Дмитрий Фролов,[/b] а потом в настройках главного модуля указать новый ключ.

Вот здесь было описано, как победить:
http://www.1c-bitrix.ru/support/forum/forum6/topic9061/message52334/#message52334

У пользователя, который указывается в параметрах подключения к базе, есть права на создание таблиц?

Да, можно: http://www.1c-bitrix.ru/buy/upgrade.php

Информация о кастомизации шаблона компонента есть в учебных курсах: http://www.1c-bitrix.ru/learning/course/lesson.php?COURSE_ID=18&ID=938