Битрикс, к превеликому сожалению, работает только с одной базой данных, на которой стоят его таблицы.
Поэтому делайте по-старинке, используя функции php-расширения mysql. Другой вариант - портировать все таблицы из "той" базы в битриксовую, тогда сможете использовать $DB->Query.