Форум

Можно использовать тип "целое число" и ждать пока введут привязку к элементам. Если правильно введут, достаточно будет потом сменить тип свойства, чтобы получить интерфейс для заполнения поудобнее, чем внесение айдишников.

Это вряд ли, так как всё хранится в одних и тех же таблицах. Но можно навести порядок в мусорнике, удалив все, что связано с неиспользуемыми сайтами (иблоки, компоненты, шаблоны, специфичные модули, специфичные конструкции в init.php, upload). Счетчики таблиц не сбросятся, конечно, и семизначные айдишники все равно будут бросаться в глаза :)

Что-то тут страшное и непонятное.
Читать можно через fgetcsv() или file() + explode().
Добавлять через CIblockElement::Add().
Для работы с базой следует пользоваться $DB->Query().
А можно поинтересоваться, зачем совпадение айдишников свойств и какая задача решается?

Смотрите документацию по $USER->Authorize($iser_id).
Откуда брать $user_id - вам решать, но стоит побеспокоиться о безопасности. То есть, в адресе гетом например передавать хэш от хэша пароля с солью от таймстампа, деленного нацело на предельный срок годности ссылки.

Попробуйте, только не с полным путём, а с локальным (/pap/1.html) если вдруг не взлетит - вернёте как было.  Вы ведь сайтом не через браузер управляете, а через ssh/sftp? :)

Многие хостеры делают автоматические бекапы, позвоните в техподдержку.

Попробуйте в начале скрипта вбить костыль:
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] = dirname(__FILE__);

Если старые страницы существуют, можно в их начале после хедера написать LocalRedirect('новый адрес'); (в режиме php)

А будут ли они там отображаться?

http://www.htaccessredirect.net/