На сколько я знаю для УТ 10.х.х.х, изменение цены не отражается в выгрузке, если она учитывает только изменения. Можете проверить просто "Установив цену номенклатуры" без движения по складу, так же вы можете попробовать "Сделать реализацию" и выгрузить только изменения. На сколько я знаю ответ будет один - "Изменения не зарегистрированы".
PS: Для того чтобы всё работало хорошо - учитывало изменения: характеристик ( у нас используется учёт по характеристикам, изменение цен, расход, приход и ожидание прихода товара ( заказы поставщикам ) - мне пришлось серьёзно переписывать выгрузку. А так же сайт чтобы деактивировать проданый товар.