Уточните конкретно вы выгружаете данные или загружаете
если обмен заказами, то у меня при трассировке сервера предприятия выяснилось, что в процедуре ПроцедурыОбменаССайтом.HTTPПолучитьДанныеССервера при выполнении в фоновом режиме кодировка текста для последующего разбора XML была не корректна. После внесения изменения
#Если Клиент Тогда
ТекстОтвета.Прочитать(ИмяФайлаОтвета, КодировкаТекста.ANSI);
#Иначе
ТекстОтвета.Прочитать(ИмяФайлаОтвета, КодировкаТекста.Системная);
#КонецЕсли
всё пошло хорошо. Если выгрузка, то тут не знаю что может быть, нужно отладчиком отладить, посмотреть что происходит. Есть специальная возможность в 1С ( нужно настраивать ) чтобы была возможность отлаживать фоновые процессы.