Конечно обратиться в службу техподдержки, скорее всего код не отрабатывает на удаление свойств. А так же можете написать что выгрузка из 1С полное гумно, в частности для УТ версия 1С.8.1.УТ.10.3.13.2.Ред.2.9.7. Мне интересно на чём они основывают выгрузку только применений, если изменения цепляются практически только к Номенклатуре и не учитывают к примеру Установку цены, движение товаров ( приход, списание, продажу и т.д. ), что в 1С так же используют учёт по характеристикам... В общем получил заготовку и точи под себя.