Для решения данной проблемы лучше всего обновить Битрикс. В одном из обновлений вышло изменение механизма создания резервной копии, теперь большие файлы архива разбиваются на несколько.
Также можно создавать архив средствами ОС или перейти на использование 64-разрядной версии php.