1. Верните CPHPCacheFiles::DelayedDelete - он очищает файлы кэша по тегам. После полной своей отработки удалится. (можно включить после того как убедитесь что все ок)
2. Проблему у вас вызывает агент CMailbox::CleanUp(), который судя по всему не выполняется но при этом активный и с истёкшим временем запуска