Удалять лучше через апи. если грохнуть напрямую то у вас файлы останутся болтаться (если есть)
из под консоли запускайте скрипт (можно сделать по аналогии с /bitrix/main/tools/cron_events.php) в котором средствами апи выбираете список элементов инфоблока CIBlockElement::GetList и потом удаляете их по очереди при помощи CIBlockElement::Delete
из под консоли запускайте скрипт (можно сделать по аналогии с /bitrix/main/tools/cron_events.php) в котором средствами апи выбираете список элементов инфоблока CIBlockElement::GetList и потом удаляете их по очереди при помощи CIBlockElement::Delete