Add

$intSKUIBlock = 16; //здесь задать id инфоблока вариаций (товарных предложений)
$arCatalog = CCatalog::GetByID($intSKUIBlock);
$intProductIBlock = $arCatalog['PRODUCT_IBLOCK_ID']; //id инфоблока для основных товаров
$intSKUProperty = $arCatalog['SKU_PROPERTY_ID']; //id свойства привязки вариации к основному товару

//создать элемент инфоблока для основного товара
$el = new CIBlockElement;
$PROP = array(); //тут передавать свойства при необходимости
$arLoadProductArray = array(
   'IBLOCK_ID' => $intProductIBlock,
   'NAME' => 'Название товара',
   'CODE' => 'product|'.date_timestamp_get(date_create()), //код товара (при необходимости, нужен уникальный)
   'ACTIVE' => 'Y', //флаг активности
   'IBLOCK_SECTION' => 75, //id раздела (папки)
   'PROPERTY_VALUES'=> $PROP,
);
$productId = $el->Add($arLoadProductArray);

//установить параметры товара
/*
//если нужно получить id единицы измерения по ее коду (например когда взяли из товаров сделки)
$measure = \Bitrix\Catalog\MeasureTable::getRow(array('select' => array('ID'), 'filter' => array('=CODE' => $row['MEASURE_CODE'])));
if ($measure) $measure = $measure['ID'];
*/
$fields = array(
   'ID' => $productId,
   'TYPE' => \Bitrix\Catalog\ProductTable::TYPE_SKU, //тип - основной товар нового типа
   'MEASURE' => 5, //id единицы измерения
);
\Bitrix\Catalog\Model\Product::add($fields, false);

//создать элемент инфоблока для вариации (товарного предложения)
$el = new CIBlockElement;
$PROP = array(
   $intSKUProperty => $productId,
);
$arLoadProductArray = array(
   'IBLOCK_ID' => $intSKUIBlock,
   'NAME' => 'Название вариации',
   'ACTIVE' => 'Y',
   'PROPERTY_VALUES' => $PROP,
);
$variationId = $el->Add($arLoadProductArray);

//установить параметры вариации
$fields = array(
   'ID' => $variationId,
   'TYPE' => \Bitrix\Catalog\ProductTable::TYPE_OFFER, //тип - вариация
   'MEASURE' => 5, //id единицы измерения
);
\Bitrix\Catalog\Model\Product::add($fields, false);

//задать цену
$arFieldsPrice = array(
   "PRODUCT_ID" => $variationId,
   "CATALOG_GROUP_ID" => 1,
   "PRICE" => 1000,
   "CURRENCY" => 'RUB',
);
$result = \Bitrix\Catalog\Model\Price::add($arFieldsPrice, true);