Сделайте резервную копию сайта, скачайте ее, распакуйте и проверьте антивирусом. Один из самых быстрых и проверенных способов.
Также проверьте листинг каждого "инфицированного" файла на предмет нахождения в начале кода символов похожих например на [URL=https://yadi.sk/i/LFPyzIQV3Mxkgp]https://yadi.sk/i/LFPyzIQV3Mxkgp[/URL]
Также проверьте листинг каждого "инфицированного" файла на предмет нахождения в начале кода символов похожих например на [URL=https://yadi.sk/i/LFPyzIQV3Mxkgp]https://yadi.sk/i/LFPyzIQV3Mxkgp[/URL]