Вы из 1С можете выгружать как угодно: с одного склада, с двух, с любого, кроме 1-го и т.д. В файле выгрузки все свободные остатки сложатся в одну цифру и уйдут в битрикс.
легким движением руки этого не сделать. нужно переписывать блок обмена с двух сторон, при этом решать кто главнее, когда между синхронизациями в одном и том же заказе в 1с и на сайте поставят разные статусы.
Это 1с:бухгалтерия :) Вы какой вариант хотите: выгрузку/загрузку со стороны 1с совмещенную под алгоритмы на стороне битрикс или полностью свое решение?