Проблема в том, что когда сервер возвращает 1С ответ о результате получения документов - в файле сначала идет пустая строка, а потом ответ, модуль обмена же ищет ответ в первой строке. Вам необходимо или допилить БУС, чтобы в первой строке был ответ, или ждать пока выйдет исправление в БУС или в 1С поправить, чтобы поиск ответа искался во второй строке.