Есть подозрение, что у вас разные настройки перезатирают друг друга. Проверьте их.
При режиме обмена "только изменения", выгружаются только измененные данные. Т.е. если данные сайт получил и до 1С дошло сообщение, что сайт успешно данные загрузил - 1С удаляет эти данные из таблицы, хранящей эти изменения. В результате и возникает сообщение "Изменения товаров не зарегистрированы. Выгрузка товаров не произведена"
При режиме обмена "только изменения", выгружаются только измененные данные. Т.е. если данные сайт получил и до 1С дошло сообщение, что сайт успешно данные загрузил - 1С удаляет эти данные из таблицы, хранящей эти изменения. В результате и возникает сообщение "Изменения товаров не зарегистрированы. Выгрузка товаров не произведена"