А что мешает написать необходимые правила преобразования URI в файле urlrewrite.php? И что такое "гармония ЧПУ"? Определитесь, как вы хотите видеть адрес просмотра секции. Можно например сделать страницы просмотра секций такими: http://domaine.ru/229/ при условии, что "по задумке" цифрами от корня ничего кроме секций не будет идентифицироваться, тогда правило получится примерно таким:
"CONDITION" => "~^/(\d+)$/~",
"RULE" => "SECTION_ID=$1",
"PATH" => "/catalog/index.php",
Причем, работать будут обе ссылки, и короткая и длинная. Правда, это "seo-неправильно", когда две ссылки ведут на одну и ту же страницу, поэтому лучше все ссылки привести к одному какому-то виду (изменить соответствующим образом шаблон адреса страницы секции в иблоке каталога).